水稻种子播种前要进行晒种、浸种及催芽，不同的栽培模式采取的种子处理方式有差异。一般常规稻品种要求播种前晒种，杂交稻种子可以不用晒种，晒种的作用是提高种子的活力及杀死一部分病菌。晒种后最好进行一次水选或盐水选，除去秕粒、病粒，饱满的稻谷（杂交稻）可不进行这步操作。
水稻播种前提倡浸种，能有效减少苗期病虫害的发生，增强秧苗的素质，尤其是种衣剂拌种包衣还可促进塑盘育秧盘根，利于机插。预防恶苗病可选用咪鲜胺、氰烯菌酯、精甲·咯菌腈等，鉴于部分地区恶苗病对咪鲜胺产生高水平抗性，不宜使用咪鲜胺浸种；预防稻瘟病可选用咪鲜胺；预防干尖线虫病，可选用杀螟单及其复配剂浸种。对于恶苗病、干尖线虫病混发的地区，可选用杀螟·乙蒜素、氟啶·戊·杀螟、杀螟丹加氰烯菌酯等药剂浸种或拌种。部分地区白叶枯病、细菌性条斑病等细菌性病害发生较重，可选用强氯精或噻唑锌浸种或拌种。对于南方水稻黑条矮缩病，可在种子催芽露白后用吡虫啉拌种。
常见的使用方法：咪鲜胺浸种是按2毫升25%咪鲜胺乳油兑水4-5公斤浸种4-5公斤，常规稻浸种48小时，杂交稻浸种24小时捞起后直接催芽。吡虫啉拌种是用10%吡虫啉可湿性粉剂20克，拌种1公斤（以干种子计重），拌匀后即可播种。
若是有机水稻，不能使用化学用药处理种子，可用1%石灰水活盐水浸种，浸种时间为24-30小时，捞起来用清水把种子洗干净，催芽至破胸露白即可播种。
提高种子处理质量的措施：按照要求使用药剂，用准种子处理的药剂浓度，不能盲目或随意改变浓度，确保不影响种子发芽；药剂浸种要浸匀浸透，要淹没稻种，避免漏浸，分批浸种要避免废液再利用，以免影响浸种效果。药剂浸种后按照栽培模式选择直接播种或催芽播种，一般早稻要求催芽播种，中晚稻可直接播种或催短芽播种，因为温度比较高。催芽期间注意控制温湿度，防止高温烧包烂种。若是选用种衣剂包衣，要将种子与调好的药液混匀，晾干后直接播种或催芽播种。
